少し古い情報ですが、こんなの見つけました。初代1Dsのセンサーの話です。
http://web.canon.jp/technology/interview/eos/eos_p3.html
「全面一括露光の部分と、三分割露光の部分がある」そうです。つまりは4分割と言うことですね。
更にステッパーについて調べてみると、こういう事だと判りました。
1.現在では、全てを高解像度のステッパで露光することは行われていない。
2.一括露光露光する部分は、比較的精度の低い非クリティカルレイヤで、必要十分な解像度をもった、スループットの高いステッパーを使う。
3.三分割露光する部分は精度の必要なクリティカルレイヤで、高解像度のステッパーを使う。
非クリティカルレイヤの露光に、フルサイズを一括露光できるステッパーを使って、コストを削減したのがキヤノンのフルサイズセンサーの特徴と言うことになります。