≫ kirsch さん 既に皆さんから多くのアドバイスが出尽くしている感じですが、私の経験とデータを少し。
教会内の明るさですが、私がミラノ大聖堂で撮影したデータを見ると（フィルム撮影ですが）、ISO50, F11, 10秒です。ケルン大聖堂のデータも似たようなものでした。デジタルでは高感度が自由に使えますので、絞りとシャッターは換算して下さい。
ただ、教会内部で何を撮影するのかにもよりますが、建物の造形をしっかり描写しようとすれば、広角レンズでも被写界深度を稼ぐためにある程度絞り込まなければならず、手持撮影はＩＳを使っても無理なケースが出てくると思います。
次に三脚についてですが、特に注意書きは無いものの、皆さんのおっしゃっているように基本的に使用禁止だと思います。教会は祈りの場であり、聖堂の大半は祈りの為の椅子席になっており、通路は比較的狭いからです。ここで三脚拡げたらひんしゅくでしょう。
ただ、教会の特質として、祈りの場である椅子席は逆に、静かに、かつ変な動作をしない限りにおいて誰からも邪魔されない空間が約束されていると思います（ミサ、礼拝の時は除きます）。私の撮影方法は、この椅子席に、テーブルポットを使ってカメラを置き、ミラーアップとケーブルレリーズ（もしくはセルフタイマー）を使ってブレを防いで撮影しています。教会の椅子の前にあるテーブルは、本来は祈りの時に肘を載せる為のものなので幅がとても狭く、脚が極端に短い三脚でないと脚がはみ出てしまいカメラが安定しません。マンフロットのテーブルポット（209+342）、スリック・プロミニはこの目的にギリギリ適合し、これより大きな三脚はダメです。このふたつの三脚は豆袋／ビーンズバッグよりも構図の自由度があり、ブレにも強いですよ。
テーブルの上に置いたカメラのファインダーを覗くのに、時に無理な体勢になりますので、アングルファインダーがあると結構役に立ちます。
レンズですが、どうしても見上げる形の撮影になるので、場数を踏むと明るい単焦点やＩＳよりもTS−Eレンズが欲しくなるんじゃないですか？見上げる撮影はほぼ必ずピント面と被写体面が傾きますから、被写界深度を稼ごうとすれば開放値の明るさは役に立たない事と、絞ればスローシャッターになりＩＳの有効性が下がるからです。小さな三脚でブレを抑止しよとすればブレの振動時間よりも長い数秒というシャッタースピードの方が効果的ですしね。一方でＴＳ−Ｅレンズであればピント面を傾けたり、上窄まりに写る現象を補正できたりします。
最後に私見としての注意点を。間違っても日曜日の午前中に教会には行かないように。この時間はどの教会もミサ、礼拝の時間なので信者の方達の邪魔になるだけです。またそれ以外の時間帯の一般公開時に椅子席で撮影する場合も、周りで祈っている人達の雰囲気を乱さないような、ゆったりと、静かに撮影動作をする事が大切な気がします。