以前、ケンコーのデジタルテレプラスPRO300 1.4xとキャノン純正1.4xEXTENDERを両方持っていました(ケンコーの方は手放しました)。
私の眼では、中央部に関して、ほとんど違いが分かりませんでした。
20D、1D Mark2ともに、フルサイズセンサーではないので、どちらでもよいのでは。
ただし、防塵・防滴仕様を求めるなら、純正です。
EF100-400に1.4倍テレコンでは、開放F値がF8になってしまうので、20DではAFが利かないでしょう。1D Mark2は、中央AFフレームでAFが利きます。
でもね、せっかく良いレンズ、良いボディをお持ちなんだから、ここは多少の割高でも、キャノン純正にしておいたほうが、何かと安心なのでは。